厦门珍稀海洋物种国家级自然保护区于2000年4月4日经国务院批准建立，由厦门中华白海豚省级自然保护区、厦门文昌鱼市级自然保护区和厦门大屿岛白鹭省级自然保护区合并成立。保护区位于北纬24°23'～24°44'、东经117°53'～118°26'，面积7588公顷。保护物种为中华白海豚（国家一级保护动物）、厦门文昌鱼（国家二级保护动物）和白鹭（部分为国家二级保护动物）。建区以来，保护区在立法保护、规划引领、科研交流、生境修复、科普宣教等方面做了大量工作。中华白海豚在厦门海域种群数量稳定并逐步提升,文昌鱼实现了常态化人工繁育与增殖放流，鹭鸟生境得到有效保护。
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